Intorno al VII-VI sec. a.C. il fiume Tevere divideva l´Umbria in due zone ben precise che erano abitate, a sinistra da popolazioni italiche di lingua Indeuropea e a destra dagli etruschi. Nella zona etrusca dell´Umbria, Perugia insieme ad Orvieto fu città tra le più floride e prosperose, anche se fino a tutto il IV sec. a.C. le testimonianze e le fonti a nostra disposizione sono poche. Il suo sviluppo dipese in massima parte dalla posizione della città, arroccata come era sulle alture, e quindi dominante rispetto la vallata del Tevere, e in zona di confine tra gli etruschi e gli umbri.
Durante la guerra civile tra Marco Antonio e Ottaviano, intorno alla prima metà del I a. C., Perugia, che aveva accolto presso le proprie mura Lucio Antonio, fratello del triumviro, fu posta in assedio da Ottaviano che punì la città ribelle uccidendo numerosi dei suoi senatori locali, rei di essersi schierati dalla parte di Antonio e soprattutto distruggendo gran parte dell´abitato. Soltanto grazie ad Augusto la città fu ricostruita e gli fu ridato il fasto che meritava. Sempre per volere di Augusto la città ricevette l´appellativo di Augusta Perusia.

Con la caduta dell´Impero Romano d´Occidente anche Perugia subì le numerose invasioni dei barbari che dalle lontane terre dell´Europa Orientale e dell´Asia scesero in Italia mettendola a fuoco e fiamme. Particolarmente devastante fu l´assedio dei Goti di Totila che la distrussero nel 547. Ma già nel XI sec. Perugia divenne libero Comune, a reggenza popolare. La città cercò di darsi nuove strutture interne e procedette verso la conquista dei comuni vicini, nel desiderio di espandere il proprio potere. A partire da questo periodo la città andò assumendo quella struttura urbanistica che è ancora oggi visibile e che dona a Perugia il suo particolare fascino. Non dobbiamo, infatti, dimenticare che proprio intorno alla fine del XIII sec. (nel 1276-´78) fu commissionata la Fontana Maggiore.

Il Comune fu quasi sempre nei mani dei Guelfi e se accettò la protezione del Papato non ne volle mai la Signoria.  Questo desiderio di autonomia portò Perugia ad un vero e proprio conflitto con papa Urbano V che, nel 1369 inviò un esercito a conquistare il comune ribelle che, vinto, fu costretto ad accettare i legati pontifici. Niente meno che l'abate di Cluny fu posto a reggere le sorti della città. Ma il popolo perugino si ribellò cacciando l´abate e distruggendo la fortezza di Porta Sole che era diventata il suo quartier generale. Dopo un periodo contraddistinto da instabilità politica e da continue lotte intestine, Braccio Fortebraccio da Montone resse la città con equilibrio e giustizia dal 1416 al 1424, riuscendo a ristabilire tra i cittadini la tranquillità perduta. Dopo la sua morte la città fu sconvolta di nuovo dalle lotte che coinvolsero la famiglia degli Oddi e quella dei Baglioni che perdurarono fino al ‘500 quando i Baglioni presero il potere e tennero in mano Perugia.

Quando il cardinale Alessandro Farnese fu nominato Papa con il nome di Paolo III, le cose cambiarono. La famigerata tassa sul sale, imposta alla città nel 1531, scatenò una guerra tra lo Stato Pontificio e il popolo perugino. Paolo III, si impossessò con la forza della città ponendo fine alla città-stato più a lungo sopravissuta in Umbria e in Italia. Come simbolo del ristabilito potere il papa fece costruire sulle rovine della casa Baglioni, su progetto dell´architetto San Gallo il Giovane un´imponente fortezza: la Rocca Paolina. Si tratta di una costruzione singolare, fatta edificare non a difesa della città, come avveniva di solito, ma contro di essa: sembra che siano stati abbattuti per costruirla circa trecento tra case e palazzi.

Per circa due secoli Perugia rimase sotto il potere dello Stato Pontificio, fino a quando, occupata dalle truppe francesi nel 1798, entrò a far parte del Dipartimento del Trasimeno. Il settecento vede anche la costruzione dei teatri Pavone (1717) e Morlacchi (1778). Dal 1798 iniziano anche i ripetuti tentativi del popolo perugino di distruggere la Rocca Paolina. Seguono altre due distruzioni vere e proprie: quella del 1848 e quella definitiva del 1860, quando Perugia entrò a far parte del neonato Regno d´Italia.